學院課題的申報立項,，按經費來源的不同可分為縱向項目、橫向項目和院級項目,。
縱向項目是指上級科技主管部門或機構批準立項的各類計劃（規(guī)劃）,、基金項目,。課題申報者應在截止時間內，務必按要求填寫好《課題立項申請書》,，寫好研究方案,，在截止時間前15日提交給學院科研開發(fā)處審核，經學院學術委員會初審后,，報學院領導審批同意后,，寄交或送交上級課題受理的指定機構。
橫向項目是指所有由學院各部門在職人員承接的企,、事業(yè)單位技術轉讓,、技術開發(fā)、技術咨詢,、技術服務等項目及其他合作研究項目,，包括各類企事業(yè)單位、兄弟單位和個人委托聯合開展,，通過批準立項,、簽訂合同所獲得的項目；境外（含港,、澳,、臺）基金和非基金類資助的研究項目以及合作研究項目轉撥給我院的項目；國內民間基金資助的研究項目,。由項目負責人與委托方洽談,起草協(xié)議或合同（可參照科技部八大類合同范本填寫）并完成福建生物工程職業(yè)技術學院橫向科技項目立項申請表（簡稱“申請表”）,，交其所在部門負責人審核并在申請表上簽字，提交學院科研開發(fā)處審核，由科研處上報學術委員會及院主管領導審核簽字并加蓋公章,，最后項目負責人寄送委托方單位簽字蓋章,。
院級項目由教師填寫學院統(tǒng)一印制的課題立項申請書，提交學院科研開發(fā)處審核,,，經學院學術委員會評審,、論證、報學院領導審批后立項,，學院科研開發(fā)處下發(fā)課題研究立項通知書,，課題立項完成。
立項的基本程序是：首先,，要確定申報哪一級課題,。一般課題分為國家級、省部級,、廳局級,、市級四級，申報上一級課題,，必須同時是本級課題和中間級課題,，不能越級申報。其次,，要認真填寫課題立項申請書,。因為申請書是向上級課題規(guī)劃部門提供的唯一材料，有關專家的論證,、審批要以學院的書面材料作為唯一依據,，所以在填寫申請書時，必須格外慎重,，必要時可請有關專家?guī)椭撟C,。再次，有審批,、立項部門下達課題任務書。從下達任務書之日起,，課題正式立項,。申報的課題一旦獲得批準，即被立為某一級的一般課題或重點課題,，其中被列為重點的還可能被推薦到更高一級的規(guī)劃部門立項,。課題一旦立項，承擔課題的單位,、課題負責人就要對規(guī)劃立項部門負責,，要按課題申請書上的承諾，定期匯報課題進展情況，保證如期完成課題研究任務等,。
課題立項申請書的格式及主要內容：
省級課題立項申請書的格式及主要內容（以福建省教育科學規(guī)劃課題申請·評審書為例）：
（1）封皮內容：課題類別,、學科門類、課題名稱,、項目申請人,、所在單位、申請日期,。
（2）填表說明：對“立項申請書”的填寫做了詳盡地說明,。
（3）基本情況：①課題名稱；②成果形式,；③完成時間,；④課題領導小組；⑤課題研究組（組長,、副組長,、課題組成員）。
（4）課題設計論證：①研究目的及意義,；②課題研究的理論假設,；③本課題主要研究內容；④本課題的研究方法,；⑤研究的步驟,；
（5）完成項目的條件和保證：①已取得相關研究成果的社會評價；②主要參考文獻,；③研究條件,；④保障條件。
（6）預期研究成果
（7）經費預算
（8）推薦人意見（不具有高級專業(yè)技術職務的申請人,，須由兩名具有高級專業(yè)技術職務的同行專家推薦）
（9）課題立項申請單位意見,。主要證實申請書內容是否屬實，課題負責人的素質,、水平是否適合承擔該課題,，單位是否能提供完成課題研究所必需的時間和條件等。
（10）學科評審組評審意見
（11）省教育科學規(guī)劃領導小組辦公室審核意見（重點,、一般,、不立項）。
國家級課題申請書,，除了省級課題立項申請書的主要內容外,，還有地方推薦意見，包括推薦專家意見,，課題負責人所在單位意見和省級相關部門意見,。
課題立項評審者主要根據課題《立項申請書》各個項目來考慮該課題是否立項，所以，不論哪一級課題,，填寫課題《立項申請書》一定要嚴肅認真,、務實求真。特別是課題的論證部分是課題申請的重點,，申報人必須全力以赴,，認真填寫。
