藥學系開設有藥學、生物制藥技術(shù)、藥品經(jīng)營與管理、藥品生產(chǎn)技術(shù)4個專業(yè)。藥學專業(yè)群獲批福建省高水平專業(yè)群A類項目，與福建省醫(yī)藥集團有限責任公司共建福建醫(yī)藥產(chǎn)業(yè)學院獲批福建省職業(yè)院校產(chǎn)業(yè)學院試點項目。

藥學系建有一支高學歷高水平的雙師型教學團隊，碩士以上學歷69.8%，博士11.1%，高級職稱25.9%，雙師型教師93.9%，長期聘請醫(yī)藥行業(yè)、省（市）藥檢所及各級醫(yī)院專家擔任客座教授和兼職教師。教學團隊主持修訂國家專業(yè)標準2項，主持或參編“十四五”規(guī)劃教材10門，獲省級教學成果獎一等獎和二等獎各1項，主持或參與教科研課題92項；獲教育部技術(shù)技能大師1人、世界技能大賽中國技術(shù)指導專家1人。

藥學系擁有1個世賽福建集訓基地、2個省級實訓基地、4個省級創(chuàng)新服務平臺和教育部“一站式”學生社區(qū)綜合管理模式建設自主試點單位。獲批教育部體重管理和藥品購銷員“1+X”證書試點單位。開展“醫(yī)藥商品購銷員(藥品購銷員)”和“化學檢驗員”技能等級認定，紅十字現(xiàn)場救護員培訓，職業(yè)技能證書獲取率100%。與福建省醫(yī)藥集團有限責任公司、省立醫(yī)院、省二人民醫(yī)院、麗珠福興、廈門片仔癀宏仁醫(yī)藥有限公司、廈門市古今湖濱藥店連鎖有限公司、福建好安心、福建康佰家、福建廣生堂藥業(yè)等100多家企事業(yè)單位共建校企教學實踐基地，為學生實習就業(yè)提供了良好條件。畢業(yè)生深受用人單位歡迎，近兩年畢業(yè)生去向落實率達100%。

福建醫(yī)藥職教集團藥學專業(yè)群建設委員會第四次會議

校長張俐教授為藥學系畢業(yè)生頒發(fā)畢業(yè)證書

福建省人力資源和社會保障廳洪長春副廳長為我校

“第46屆世界技能大賽化學實驗室項目福建集訓基地”授牌

福建省職業(yè)院校技能大賽化學實驗技術(shù)項目獲一等獎（十連冠）

教育部“一站式”學生社區(qū)建設

第十五屆校運動會團體操表演《茉莉清香 芬芳藥學》獲一等獎